下のようなインデントのない状態のソースを選択して[Ruby]-[IndentCommand(Ctrl+B)]としてみてください。インデントされます。

class A
def m1
"here in m1"
end
def m2
"here in m2"
end
end

また以下のソースを手打ちしてみてください。そして、改行を入力するかわりに、 [Ruby]-[IndentReturnIndent(Ctrl+M)]を使ってみてください。

def m3(a, b)
  if (a ==
     b)
    "equal"
  else
    "different"
  end
end