printやputsの出力がなかなか表示されません。

標準では、標準出力がバッファリングされます。STDOUT.sync = trueをスクリプトの最初に追加してみてください。

デバッグ時のライブラリの読み込みがとても遅いのですが。

ライブラリの内部まで、デバッガがトレースをしているためです。デバッグさせたくないライブラリをdebug.rbより先に読み込むように設定してください。(ex. -r phi -r debug2)

Cygwin版のrubyバイナリで、うまく動作しません。

Cygwin版はバージョンによって挙動が異なるので、どこまで対応できているのか不明です。MSWin版を推奨します。

入力補完機能が働きません。

[Edit]-[Fountain]-[Ruby]の時にのみ有効です。

デバッグができない。

コマンドプロンプトからruby -r debugで、動作を確認してください。コマンドプロンプトでできないデバッグはRDEでもできません。

1.*系でデバッグができない。

該当するバージョンのrde.dll(.so)が必要です。 [RDE]/ruby1*/rde.dll(so)を使ってください